Os ninjas são os guerreiros das sombras; mercenários pagos para fazerem os mais variados tipos de serviços furtivos, entre eles; sabotagem, assassinatos e especialmente o de espionagem.
Embora sempre se faça uma distinção entre os samurais e os ninjas, geralmente os ninjas também eram uma espécie de samurais. Isso porque muitos deles também servem a um daimyô (senhor feudal) em troca de um estipêndio, como os samurais convencionais. A diferença crucial entre os dois é a de que os ninjas não obedecem ao Bushidô (código de ética samurai), e, ao invés disso, não se importam em utilizar-se de métodos covardes para alcançar seus objetivos, mesmo porque tem sua identidade sob sigilo em suas missões, de forma que não prejudicaria a sua imagem.
Depois de árduos estudos sobre a anatomia humana, os ninjas dominaram, entre outras, a arte de esconder-se nas sombras. Através dessa técnica, tornavam-se invisíveis e simplesmente não eram vistos à noite, apenas esgueirando-se pelo escuro. Além disso, são temidos por serem incrivelmente traiçoeiros e rápidos: fazem tudo em silêncio, de modo que dificilmente são descobertos. Os ninjas costumam matar suas vítimas em sono ou pelas costas, de modo que estas não lhe apresentam defesa alguma. Os daimyô costumam contratar os ninjas para que estes matem generais inimigos antes de uma guerra, o que desestrutura o exército inimigo, ou simplesmente para conseguirem informações secretas e sabotarem os planos inimigos. Muitas mortes que oficialmente eram registradas como "acidentes" ou "envenenamento" eram na verdade obra dos ninjas.
Mitos e lendas cercam os ninjas e as suas origens. Uma delas conta que pássaros-demônio chamados tengu, seriam os ancestrais dos ninjas. Esses pássaros eram mestres nas artes da espada e do desaparecimento, tornando-se assim evidente a sua relação com os ninjas.
Os ninjas são organizados em clãs. Seus rostos são escondidos por trás de panos, de modo que o ninja mantém sua identidade sob sigilo em suas missões. O ninja descoberto é instruído a se matar ou fugir, porém, se assim o fizer, será caçado até encontrar a morte.
As espadas ninja, conhecidas por Ninja-To, são devidamente adaptadas a suas técnicas; ao contrário da espada samurai, a Ninja-To possui a lâmina reta, para que o seu ocultamento seja facilitado e para que ela produzisse menos ruídos ao ser usada.
Além das espadas, os ninjas utilizam também vários outros equipamentos e armas, importantes recursos em suas missões. A Kawanaga, ou ganche de agarre, é muito utilizada para ultrapassar muros e similares. Alguns ninjas usam uma espécie de luva, chamada de Shuko (mão de gato), que possui garras nas palmas. Algumas escolas usam bombas de gás para facilitar suas fugas. Shakens (ou shurikens), as famosas "estrelinhas ninja", também são utilizadas largamente. O Shinobi Shozoku, ou uniforme ninja, tem por função camuflar o ninja no ambiente, de modo a facilitar a sua "invisibilidade". Assim sendo, na maioria das vezes ele é totalmente preto, pois os ninjas costumam trabalhar à noite.
Também há mulheres entre os ninjas. Entre outras vantagens características delas, as ninjas usam a sedução no trabalho. Seduzindo homens de alto poder político elas conseguem ainda com mais facilidade as informações secretas de que precisam.
